El establecimiento de los pequeños núcleos rurales, como Hinojal de Riopisuerga, se inicia en el siglo XI. Aunque en un primer momento estaría situado en el Alfoz de Herrera, es muy difícil saber la época exacta de inicio del emplazamiento urbano de Hinojal. A diferencia de otros pueblos cercanos (Zarzosa, Castrillo), en los que se conoce referencias documentales de sus monasterios (Becerro de Cardeña, 969), de Hinojal no conoceremos referencia documental hasta más tarde.
Se piensa que la fundación es muy anterior, tanto por el estilo arquitectónico de la iglesia, como por la cantidad de población que lo habitaba. Hecho, este último, que se deduce del gran número de eclesiásticos a su cargo, como por el alto valor en impuestos que cotizaba según sus primeras referencias documentales. Es muy probable que el primer poblado de Hinojal date de la segunda repoblación (1009-1085).
La primera constancia que tenemos de la existencia de Hinojal, está en el documento de venta de la villa de Herrera y sus aldeas (Ventosa, Enestar Hinojal y Villaneceriel) en el año 1330. La compró el mismo rey Alfonso XI por 180.000 maravedíes.
Otra documentación sobre la población que certifique exactamente la existencia de la villa es en 1345 en el Becerro de los Beneficios de Palencia, donde ya lo ubica en el Arciprestazgo de Herrera: «En Finojal, en la eglesia de sanct Martin deue auer dos prestes, vn diachono, dos sundiachonos, tres graderos, que son con la media ración del cura quatro raciones…»
Otra anotación sobre el pueblo la tendremos en el Becerro de las Behetrías de Castilla (1352, actualmente en el archivo de Simancas).
Este libro fue mandado escribir por Pedro I de Castilla, en el comienzo de su reinado, conteniendo un registro de los lugares de Castilla. En el se da cuenta de las rentas y dominios señoriales. Para ello envió dos inspectores a recorrer todas las aldeas sin excepción, documentando 2402 lugares, de los cuales 488 ya aparecían despoblados. Hinojal constaba dentro de los 1914 habitados, constando también algunos despoblados en su término o cercanos.
En la organización feudal de esa época, se definía behetría como una población, cuyos vecinos, dueños absolutos de ella, podían recibir por señor a quien quisiesen, a diferencia de los realengos o abadengos.
En él se le nombra como «Henojar» ó «Henoiar», cuyo significado aparentemente es lugar abundante de hinojos. Planta medicinal hoy en día no muy abundante, pero que aún se puede ver en alguna cuneta y lindera. Hay otra teoría que supone el nombre como relacionado más con el «heno» y no con los hinojos, viniendo a decir que Hinojal era un lugar abundante en pastos de heno, teoría probablemente más acertada y justificada por la multitud de arroyos que discurrían por el término y el pueblo, creando un entorno muy favorable para la abundancia de heno.
En este Becerro, se indica, que a diferencia de otros pueblos limítrofes que rendían tributo al señor de Amaya, Hinojal, junto con Zarzosa, Castrillo y Sotovellanos eran aldea del alfoz de Herrera, que posteriormente sería incluido en la merindad de Monzón. Herrera y sus aldeas, pertenecían a la corona, debido a la compra realizada en 1330 por Alfonso XI.
Hinojal pertenecía a la reina, por lo tanto era un realengo. Al rey pagaban servicios, moneda y «fonsadera». La «fonsadera» es un impuesto en teoría destinado a pagar el servicio de armas de un hombre que sustituya al pagador de la fonsadera. Era la manera en la que los campesinos libres, pero que no tenían recursos para costearse el equipo de guerra, pagaban una parte del equipo del soldado que acudía personalmente al servicio.
A la reina, pagaban 200 maravedíes por martiniega (rentas pagadas en la festividad de San Martín). El que tuviera tierras, viñas y casa, 15 celemines de cebada y 16 dineros.